雖然臨床執(zhí)業(yè)醫(yī)師和臨床助理醫(yī)師都為經(jīng)過(guò)全國(guó)統(tǒng)一考試,，能夠在全國(guó)范圍內(nèi)認(rèn)可的合格證,，不過(guò)，執(zhí)業(yè)醫(yī)師資格的含金量明顯是要高于執(zhí)業(yè)助理醫(yī)師的,。

執(zhí)業(yè)藥師與臨床執(zhí)業(yè)醫(yī)師的區(qū)別主要是職能不同,。執(zhí)業(yè)藥師證是能讓證書(shū)持有人從事和藥物相關(guān)的工作，比如藥店,、醫(yī)院等,。執(zhí)業(yè)醫(yī)師證是能讓證書(shū)持有人從事和診治等相關(guān)的工作。

臨床執(zhí)業(yè)醫(yī)師的考試?yán)щy程度會(huì)比臨床助理醫(yī)師要高,，尤為是在醫(yī)學(xué)綜合筆試部分,。在同樣考試日期以?xún)?nèi)，執(zhí)業(yè)醫(yī)師的筆試題試題數(shù)量是執(zhí)業(yè)助理醫(yī)師的兩倍。執(zhí)業(yè)助理醫(yī)師考試不會(huì)選用或是適時(shí)刪減A3型題,。因此,，執(zhí)業(yè)助理醫(yī)師考試難度顯著下調(diào)。