雖然臨床執(zhí)業(yè)醫(yī)師和臨床助理醫(yī)師都為經(jīng)過全國統(tǒng)一考試,，能夠在全國范圍內(nèi)認可的合格證，不過,，執(zhí)業(yè)醫(yī)師資格的含金量明顯是要高于執(zhí)業(yè)助理醫(yī)師的,。

執(zhí)業(yè)藥師與臨床執(zhí)業(yè)醫(yī)師的區(qū)別主要是職能不同。執(zhí)業(yè)藥師證是能讓證書持有人從事和藥物相關(guān)的工作,，比如藥店,、醫(yī)院等。執(zhí)業(yè)醫(yī)師證是能讓證書持有人從事和診治等相關(guān)的工作,。

臨床執(zhí)業(yè)醫(yī)師的考試困難程度會比臨床助理醫(yī)師要高,，尤為是在醫(yī)學綜合筆試部分。在同樣考試日期以內(nèi),，執(zhí)業(yè)醫(yī)師的筆試題試題數(shù)量是執(zhí)業(yè)助理醫(yī)師的兩倍,。執(zhí)業(yè)助理醫(yī)師考試不會選用或是適時刪減A3型題。因此,，執(zhí)業(yè)助理醫(yī)師考試難度顯著下調(diào),。